Struktur Organisasi Badan Narkotika Nasional Kota Manado diatur dalam Peraturan Kepala Badan Narkotika Nasional Nomor 6 Tahun 2015 tentang Perubahan atas Peraturan Kepala Badan Narkotika Nasional Nomor 6 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi dan Badan Narkotika Nasional Kabupaten/Kota, terdiri dari:

1. Kepala;
2. Bagian Umum;
3. Bidang Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat;
4. Bidang Rehabilitasi;
5. Bidang Pemberantasan.